(1)因腹痛、頭痛、嘔吐等均為兒科常見癥狀,故診斷時一般多考慮常見病、多發病,診斷思路易局限，如以少見癥狀為首發表現則更易誤診誤治，有患兒誤診為“角膜炎”長達8年
(2)本病診斷主要依據腦電圖的圖樣放電，但有時臨床癥狀出現比腦電圖改變要早數月甚至數年
(3)腦電圖
樣放電是陣發性而非持續性，由于時間、條件限制，腦電圖不易捕捉到樣波形。 為避免對這類疾病的誤診,應做到以下幾點：
對于不明原因的腹痛、嘔吐、頭痛患兒，特別是伴有植物神經功能紊亂和/或有自動癥表現的患兒,在排除了相關疾病，,應盡早做腦電圖檢查，最好是在發作時做此檢查，且要反復多次做，有條件者最好做24小時動態腦電圖或行剝奪睡眠腦電圖檢查。因本病是部分性發作患兒大腦皮質局部神經細胞的損傷具有更多的應激性，從而更易誘發電活動，剝奪睡眠腦電圖有助于提高診斷陽性率；對癥治療無效者，且排除了相關疾病，可考慮診斷性抗治療，如癥狀消失，不再反復，提示治療有效，療程超過發作周期而未再發作，也是診斷本病的一個重要依據。