單細胞mRNA測序揭示早熟樹突狀細胞在炎癥反應中的作用

單細胞mRNA測序揭示早熟樹突狀細胞在炎癥反應中的作用       
——研究表明單細胞測序在發現通常隱藏在海量細胞樣本中的稀有細胞群的重要性

波士頓和南舊金山，加州，2014年6月30——在本月Nature上發表的一篇文章中，Broad 研究所和FLUIDIGM的科學家使用C1^TM單細胞自動制備系統制備細胞用于單細胞測序，發現在受到相同抗原刺激的樹突狀細胞群體中有一個亞群的早熟細胞更早地表達抗病毒基因。 由于通常情況下是在海量細胞中進行平均的檢測，這些早熟的細胞是無法被發現的。基于FLUIDIGM和Broad研究所在單細胞基因組學的貢獻，這一發現將使研究者可以探索機體在受到外源攻擊時，這些早熟的細胞如何調控機體的免疫反應。

Nature的文章同樣也著重指出細胞異質性的作用及其在免疫反應中的胞間通訊的重要性。在通常的實驗中，細胞在一個環境中被一起研究，允許細胞間的通訊和傳遞信號。然而，FLUIDIGM的C1^TM單細胞自動制備系統的獨有特性允許研究者分離單一細胞來發現那些表達抗病毒基因的特定細胞。因為這些特定的細胞被分離了，那些不表達抗病毒基因的細胞就不會引起免疫反應，這表明胞間通訊在免疫反應中起到至關重要的作用。

除了發現稀有的細胞亞群以外，這一研究為單細胞研究的數據樹立了一個新的標準。在文章中發表的1774個細胞的數據是目前為止最大的單細胞基因組數據，也是最大的單細胞mRNA測序數據。

為了發現和描述這些只占樹突狀細胞群1%的稀有的早熟細胞，研究者需要按比例放大到很高數量的細胞。為了達到這個目的，他們首先需要解決兩個關鍵問題：怎樣制備含有成千上萬個細胞的單細胞文庫，以及怎樣在可承受范圍內對如此大量的樣本進行測序。

為了制備數目巨大的單細胞文庫，研究者依靠實驗開始時剛剛上市的C1^TM單細胞自動制備系統。C1?系統的微流控技術使得研究者能快速和可靠地分離，處理和研究單一細胞用于基因組學分析。在研究中，科學家們發現可以用少于100萬的讀長獲得穩定的單細胞的數據（通常做海量mRNA測序需要500萬到1000萬的讀長）。科學家們能更快地獲得穩定的數據大大降低了實驗運行的成本。
 
要獲得完整的文章——Single-cell RNA-seq reveals dynamic paracrine control of cellular variation, Nature. 2014 Jun 19;509(7505):363-9

單細胞基因組學倡議
在2012年，Broad研究所的基因組學平臺和FLUIDIGM（NASDAQ:FLDM）建立了單細胞基因組學倡議用于加速哺乳動物單細胞基因組學研究方法的開發和結果的發現。單細胞基因組學倡議也是在許多包括干細胞和腫瘤生物學在內的前沿領域的單細胞基因組學研究者之間進行合作的橋梁。倡議的機構位于麻省劍橋的Broad研究所，在那里有全套的富魯達單細胞工具，實驗流程和技術，最引人注目的就是C1^TM單細胞自動制備系統和BioMark HD^TM系統。

技術
FLUIDIGM的C1^TM單細胞自動制備系統是基于公司開創性的微流控技術，這一技術使研究者們能快速和可靠地分離，處理和描述單個細胞用于基因組學分析。科學家們可以用一種技術抽提，反轉錄，擴增并最終檢測和分析細胞活性，從而降低不同平臺技術帶來的差異。

在這篇最近發表的文章中的實驗，一共用到了5套C1^TM單細胞自動制備系統，從1774個細胞中產生了有生物意義的數據。

這篇文章是第10篇C1^TM單細胞自動制備系統上發表的文獻。

關于富魯達
富魯達（NASDAQ:FLDM）為像單細胞生物學和生產基因組學等的高增長市場開發，生產和市場化生命科學分析和制備系統。我們銷售給全球頂尖的科研院校，臨床實驗室，制藥公司，生物技術公司以及農業生物技術公司。我們的系統是基于ZL的微流控和多參數流式質譜儀技術，產品設計時大大簡化了實驗流程，提高了通量并降低了成本，同時又能提供優秀的數據質量。富魯達產品僅供研究用途。不可用于診斷步驟。