發生率較高者有聽力減退、耳鳴或耳部飽滿感(耳毒性)，血尿、排尿次數減少或尿量減少、食欲減退、極
度口渴(腎毒性)、步履不穩、眩暈(耳毒性、影響前庭)、惡心或嘔吐(耳毒性、影響前庭、腎毒性)。發生率較少者有呼吸困難、嗜睡或軟弱(神經肌肉阻滯，腎毒性)。停藥后發生聽力減退、耳鳴或耳部飽滿感，提示可能耳毒性并需引起注意。可有聽力及腎損害.可引起胃腸道反應：惡心,嘔吐,食欲不振,腹脹,腹瀉.偶有過敏反應,皮疹,藥熱等.嚴重者可有休克死亡.也可有神經系統癥狀,心肌抑制,呼吸衰竭等。
過敏反應
藥熱和皮疹并不常見，其發生率在1%～3%之間；但嗜酸粒細胞增多癥則相當多見，可達10%，尤其當療程超過1周時。過敏性休克偶有所見，國內曾報道1例因潰瘍病穿孔注射卡那霉素引起過敏性休克，經搶救恢復，改用慶大霉素無不良反應。
神經系統
本品應用中最重要的不良反應為影響耳蝸神經，患者高頻聽力首先受損害，以后聽力減退逐漸發展至耳聾。耳鳴和耳部飽和感為早期而重要的第8腦神經損害的先兆征候。聽力減退大多在療程中發生并繼續進展，但停藥后仍可能發生，特別在原有腎功能減退者。卡那霉素引起的聽力減退大多為雙側性，停藥后部分患者癥狀可能逐漸減輕。易誘發耳毒性的有關因素有：①原有腎功能減退者；②血藥濃度較長時間持續在30μg/ml以上；③療程較長。總量不超過15g時一般不至發生耳毒性癥狀，每日肌注1g，連續30～150天，發生聽力損害者可高達40%；④年老患者；⑤過去曾患中耳炎或原有聽力減退；⑥過去曾用過氨基糖甙類等耳毒性藥物或同時合用強力利尿劑及其他耳毒性藥。