對于一個現代商業實驗室液相色譜-串聯質譜、氣相色譜-質譜是不可少的，這是現在對禁用農獸藥殘出具陽性報告時指令和標準要求的條件。
如果有規模、檢測項目多，每類儀器還應配置多臺套。這時要考慮儀器性能的互補，如：液相色譜-串聯質譜一臺配電噴霧電離源，一臺配大氣壓化學電離源；氣相色譜-質譜一臺配電子轟擊源，一臺配負化學電離源。
如果元素多、樣品雜，還可以考慮配置等離子發射光譜-質譜儀、氣相色譜-串聯質譜儀等。
如果要做形態分析，等離子發射光譜-質譜儀還應能與液相色譜或氣相色譜聯用。
