卵白蛋白是一種磷糖球蛋白, 等電點為4.5, 由385個氨基酸組成, 分子量為44.5 ku, 包含約3%的糖基組分。卵白蛋白分子不耐酶解, 用鏈霉蛋白酶水解其晶體, 可以生成5個含天冬酰胺糖基的組分。
卵白蛋白基因家族及其結構已基本上被人們所了解, 其基因長為7 564 bp, 編碼1 872個核糖核苷酸的成熟m RNA表達受類固醇等激素的調控。卵白蛋白基因由8個外顯子和7個內含子組成, 第一個外顯子為m RNA的5′端非編碼區, 第一個內含子的長度為1.5 kb, 它將5′端非編碼區分開, 即將一個由47 bp的卵白蛋白基因前導區和17 bp的相當于5′端非編碼區第二部分分開。其余6個內含子, 分別在56、73、117、156、203、155位氨基酸密碼子處, 中斷了卵清蛋白的編碼區。卵白蛋白的最后一個外顯子是已知較長的外顯子之一, 占整個m RNA編碼區的一半以上, 共計1 043 bp。
最新研究指出, 卵白蛋白分子的表位完全分布于主要的序列中, 有5個不同的Ig E結合表位, 其中4個表位暴露于蛋白質表面, 并且其二級結構都含有β片層和β折疊結構。