厭氧+好氧與缺氧+好氧在應用上主要有功能作用和應用過程等方面的區別，具體如下：
一、功能作用的不同
1、厭氧+好氧的主要功能作用：生物除磷。
2、缺氧+好氧的主要功能作用：生物脫氮。
二、應用過程的不同
1、厭氧+好氧的應用過程：溶解氧在0.2mg/L及以下時，聚磷菌釋放磷，在好氧段溶解氧2mg/L及以上時多攝取5倍以上的磷。在排放剩余污泥時，將磷一同排除。必須注意的是，污泥在濃縮池濃縮必須注意溶解氧的下降速率，如果溶解氧下降到0.5mg/L以下，磷有釋放到污泥濾液中。
2、缺氧+好氧的應用過程：溶解氧在0.2~0.5mg/L狀況時，硝酸鹽、亞硝酸鹽、硝酸氮、亞硝酸氮、轉換成氮氣。如果污水中氨氮還很高，將好氧段的污水回流到缺氧池，這時觀察到缺氧池有很多氣泡釋放。