取樣檢測厭氧微生物時，很重要的一點是食品樣品中不能含有游離氧。例如在肉的深層取少量樣品后，要避免使之暴露在空氣當中。如只能抽取小樣品，或需使用棉拭子取樣時，就要用一種合適的轉接培養基（如Stuart運送培養基）來降低氧的濃度。例如，如使用藻酸鹽羊毛拭子取樣后，就不能再放入原來的試管，而應放在盛有Stuart運送培養基的瓶中。棉拭子使用前要先用強化的梭菌培養基浸濕。
