①固定組織或細胞:將組織細胞固定于預先用四氟乙烯包被的玻片上，并用多聚甲醛處理，再滅活除去細胞內源性過氧化物酶.
②蛋白酶K消化處理:用60ug/ml的蛋白酶K將固定好的組織細胞片55℃消化處理2h后，96℃2min以滅活蛋白酶K.
③PCR擴增:在組織細胞片上，加PCR反應液，覆蓋并加液體石蠟后，直接放在擴增儀的金屬板上，進行PCR循環擴增.有的基因擴增儀帶有專門用于原位PCR的裝置.
④雜交:PCR擴增結束后，用標記的寡核苷酸探針進行原位雜交.
⑤顯微鏡觀察結果.
