血中白細胞總數增高，以中性粒細胞為主，核左移，腦脊液呈膿性或血性，白細胞數平均可達2780×106/L，培養無菌，但可查到福氏耐格里阿米巴，常用方法有：
1、直接涂片法：將腦脊液自然沉淀后，取沉淀物涂片鏡檢，仔細觀察偽足運動情況加以判斷，或固定染色后觀察核的形態特點加以判斷；
2、培養法：將腦脊液接種于1.5%非營養瓊脂上鋪一層產氣腸桿菌或大腸桿菌的培養基中，于37℃培養3～5天觀察結果；
3、動物接種法：將腦脊液接種到小鼠腦中，待癥狀發生后剖驗小鼠腦組織，檢查有無本蟲存在，目前尚無適用的免疫診斷技術。
4、CT檢查腦部顯示有彌漫性密度增高區域，并累及灰質，腦部及腦腳間處的腦池間隙閉塞，大腦半球上部環繞中腦和蛛網膜空間的亞顯微結構均消失。