本病病死率極高，早期診斷與及時治療十分必要。目前尚無肯定有效藥物，據國外有一成功的報道，靜脈滴注與鞘內注射高劑量的兩性霉素B(amphotericin B)和咪康唑(miconazole)聯合使用可能有效，具體方法是患者被確診后立即應用兩性霉素B1.5mg/(kg·d)，分2次靜脈緩慢滴注(每次不少于1h)，3天后改為1mg/(kg·d)，共用6天；必要時可同時鞘內注射，0.5mg/次。由于兩性霉素B毒性較大、不良反應較多，必須十分謹慎使用，在治療過程中應檢測血清肌酸酐及尿素氮，防止出現腎功能損害。咪康唑劑量為350mg/m2體表面積，等分3次靜脈滴注，共9天。口服利福平或靜脈滴注磺胺異?唑(sulfisoxazole，SIZ)可增加療效。一般抗阿米巴藥物無效。