可從以下幾方面加以診斷。
1.流行病學史 多在夏季發病，起病前5～7天曾在不流動的湖水或溫熱水中游泳史。
2.有上述中樞神經系統病變的臨床表現。
3.CT檢查腦部顯示有彌漫性密度增高區域，并累及灰質，腦部及腦腳間處的腦池間隙閉塞，大腦半球上部環繞中腦和蛛網膜空間的亞顯微結構均消失。
4.腰椎穿刺顯示顱內壓明顯增高[2.94～6.37kPa(300～650mm H2O)]，腦脊液中紅細胞數平均為2.78×109/L，多形核白細胞百分率增高，蛋白質增加，糖含量下降，腦脊液鏡檢或體外培養確認為福氏耐格里阿米巴滋養體，才能確診。