敲擊式AFM與非接觸式AFM比較相似，但它比非接觸式AFM有更近的樣品與針尖距離．和非接觸式AFM一樣，在敲擊模式中，一種恒定的驅動力使探針懸臂以一定的頻率振動(一般為幾百千赫)．振動的振幅可以通過檢測系統檢測．當針尖剛接觸到樣品時，懸臂振幅會減少到某一數值．在掃描樣品的過程中，反饋回路維持懸臂振幅在這一數值恒定．當針尖掃描到樣品突出區域時．懸臂共振受到阻礙變大，振幅隨之減小．相反，當針尖通過樣品凹陷區域時，懸臀振動受到的阻力減小，振幅隨之增加。懸臂振幅的變化經檢測器檢測并輸入控制器后，反饋回路調節針尖和樣品的距離，使懸臂振幅保持恒定．反饋調節是靠改變Z方向上壓電陶瓷管電壓完成的。當針尖掃描樣品時，通過記錄壓電陶瓷管的移動就得到樣品表面形貌圖。敲擊式AFM有效防止了樣品對針尖的粘滯現象和針尖對樣品的損壞。