分子吸收是未解離的分子吸收光源輻射能量而產生的。石墨爐內基體物質濃度主要取決于基體物質的沸點、解離能和溫度背景吸收與原子化溫度有關,如尿在340℃～1100℃有分子吸收,峰值出現在640℃背景吸收的起始溫度和峰值溫度與NH4Cl的升華溫度和沸點接近。在1100℃～1910℃出現第二個背景吸收帶,峰值位于1440℃,背景吸收來自氯化鈉。
全血在1160℃～2090℃出現背景吸收帶,峰值位于1460℃,與NaCl的沸點接近。提高原子化溫度可以減少分子吸收,在恒溫原子化條件下(即采用恒溫爐),提高原子化溫度可明顯降低分子吸收。除了提高原子化溫度外,還可以用提高升溫速率的方法來減少分子吸收。
關于載氣對背景吸收的影響,主要是指這種氣體在原子化過程中與石墨管表面的碳發生化學反應,并生成干擾物質。如用N2作載氣時,會與碳反應生成氰分子(CN),若分析元素是Ca,Sr,Ba時,會與CN生成CaCn,SrCN,BaCN的單氰化物分子,分別在608～643nm,635～688nm和503～555nm產生背景吸收。若試樣中存在Al,用N2作載氣,又會生成AlCN分子光譜。