原子熒光測汞時干擾與發生方式密切相關,一般認為在熱汞發生時會產生較為嚴重的液相干擾,需加入掩蔽劑消除;而冷汞發生或燃燒發生時則基本沒有液相干擾。
另一方面,三種發生方式都存在由有機物子造成的吸收干擾和由多原子分子造成的熒光猝滅干擾, 這些干擾大多由低沸點有機物造成,所以對燃燒法干擾較重,必須采用催化完全燃燒來避免這些干擾;對于兩種液相發生方法,則要求樣品中完全無機化。