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  • 摘要 利用ABEEM/MM 浮動電荷模型對蛋白質BPTI 分子的水溶液進行了分子動力學模擬, 驗證了模擬參數(包括ABEEM參數和力場參數)的正確性以及可轉移性. 結果表明, 對蛋白質BPTI水溶液模擬所得的蛋白質中各類非氫原子的位置與實驗晶體結構相比的均方根位移偏差較小, 即模擬所得的BPTI 結構與實驗晶體結構具有較好的一致性; 計算得到的徑向分布函數表明, ABEEM/MM 模型很好地體現了蛋白質和周圍水分子的靜電極化, 并且溶質與溶劑之間強烈的氫鍵作用使溶液中BPTI 分子的體積變大.
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