原核生物mRNA常以多順反子的形式存在。真核生物mRNA一般以單順反子的形式存在。
原核生物mRNA的轉錄與翻譯一般是偶聯的，真核生物轉錄的mRNA前體則需經轉錄后加工，加工為成熟的mRNA與蛋白質結合生成信息體后才開始工作。
原核生物mRNA半壽期很短，一般為幾分鐘 ，最長只有數小時（RNA噬菌體中的RNA除外）。真核生物mRNA的半衰期較長， 如胚胎中的mRNA可達數日。
原核與真核生物mRNA的結構特點也不同。真核生物mRNA具有5‘帽子和3’多聚A尾巴，原核生物沒有這樣的首尾結構。
