細菌以一分為二的方式繁殖，某些細菌處于不利的環境，或耗盡營養時，形成內生孢子，又稱芽孢，是對不良環境有強抵抗力的休眠體，由于芽胞在細菌細胞內形成，故常稱為內生孢子。
芽孢的生命力非常頑強，有些湖底沉積土中的芽孢桿菌經500-1000年后仍有活力，肉毒梭菌的芽孢在pH7.0時能耐受100℃煮沸5-9.5小時。芽孢由內及外有以下幾部分組成：
1．芽孢原生質（spore protoplast）：核心（core）含濃縮的原生質。
2．內膜（inner membrane）：由原來繁殖型細菌的細胞膜形成，包圍芽孢原生質。
3．芽孢壁（spore wall）：由繁殖型細菌的肽聚糖組成，包圍內膜。發芽后成為細菌的細胞壁。
4．皮質（cortex）：是芽孢包膜中最厚的一層，由肽聚糖組成，但結構不同于細胞壁的肽聚糖，交聯少，多糖支架中為胞壁酐而不是胞壁酸，四肽側鏈由L-Ala組成。
5．外膜（outer membrane）：也是由細菌細胞膜形成的。
6．外殼qiao（coat）：芽孢外殼，質地堅韌致密，由類角蛋白（keratinlike protein）組成，含有大量二硫健，具有疏水性特征。
7．外壁（exosporium）：芽孢外衣，是芽孢的最外層，由脂蛋白及碳水化合物（糖類）組成，結構疏松。