由于在自然條件下，原生質體發生融合的頻率非常低，因此在實際育種過程中要采用一定方法進行人為誘導融合。兩株出發菌株制備好的原生質體可以通過化學因子或電場誘導的方法進行融合。 [3]
化學因子誘導是把兩個親株的原生質體混合在一起，加入融合劑聚乙二醇（ polyethylene glycol，PEG）和Ca2+、Mg2+等陽離子誘導原生質體融合。PEG具有強烈的脫水作用，擾亂了分散在原生質表面的蛋白質和脂質排列，提高了脂質膠粒的流動性，從而促進原生質體融合。Ca2+可促進脂分子的擾動，增加融合頻率。電融合過程是原生質體在電場電擊下，原生質體膜會被擊穿，從而導致融合的發生。