按照林奈氏分類系統屬于雙歧桿菌屬,按照三域系統屬于細菌域 ,按照五界分類系統屬于原核生物界。
早在1899年,法國巴斯德研究所的兒科醫生Henry Tissier從母乳喂養的健康嬰兒的糞便中分離出的一種厭氧的革蘭氏陽性桿菌,當時命名為Bacillus bifidus。隨后,Tissier就發現補充這種分叉狀的桿菌能治療腸道感染方面的疾病。在Tissier發現雙歧桿菌以后,人們發現了更多的雙歧桿菌屬的成員,人們對雙歧桿菌的生理功能進行了深入的發掘與研究,經過一個世紀的發展,特別是近年腸道微生物組學研究的發展,人們越來越認識到雙歧桿菌的重要性。雙歧桿菌在醫藥、食品等方面也得到了廣泛的應用。