雙聚焦質譜儀分類有多種。
1、按分析目的可分：實驗室雙聚焦質譜儀和工業雙聚焦質譜儀。
2、按分析對象的屬性可分：雙聚焦有機質譜儀和雙聚焦無機質譜儀等。
3、按分析規模可分：小型雙聚焦質譜儀和大型雙聚焦質譜儀。
4、按離子化方式可分：電子轟擊電離雙聚焦質譜儀、化學電離雙聚焦質譜儀、場電離雙聚焦質譜儀、場解吸電離雙聚焦質譜儀、快原子轟擊電離雙聚焦質譜儀和電噴霧電離雙聚焦質譜儀等。
5、按用途可分：雙聚焦生物質譜儀、雙聚焦制藥質譜儀、雙聚焦化工質譜儀、雙聚焦食品質譜儀、雙聚焦氨基酸質譜儀、雙聚焦酶質譜儀、雙聚焦RNA質譜儀、雙聚焦DNA質譜儀、雙聚焦污泥質譜儀、雙聚焦土壤質譜儀、雙聚焦煙塵質譜儀、雙聚焦粉煤灰質譜儀和雙聚焦農藥質譜儀等。