如果能夠找到讓兩種酶同時作用的最佳緩沖液NEBuffer,那就可以同時雙酶切。如果找不到就只能采用分步酶切。分步酶切應從反應要求鹽濃度低的酶開始,酶切完畢后再調整鹽濃度直至滿足第二種酶的要求,然后加入第二種酶完成雙酶切反應。