反義RNA也參與了λ和P22噬菌體的溶菌/溶源狀態的控制。P22噬菌體編碼一種抗阻遏蛋白Ant，它可以抑制許多λ樣噬菌體的阻遏蛋白與DNA的結合。這對于剛剛感染細胞的P22建立λ樣原噬菌體(prophage)是有益的。但是Ant必須在嚴格的控制下，否則Ant的過分表達必將阻止溶源狀態的建立，而成為溶菌性的噬菌體。Ant蛋白質表達的控制是利用反義RNA(sarRNA)能與ant mRNA的翻譯起源區互補結合，從而抑制ant mRNA翻譯成Ant蛋白。
在λ噬菌體中cⅡ蛋白控制著溶菌或溶源狀態的選擇。cⅡ蛋白可以激活λPre啟動子，該啟動子控制的基因是λ噬菌體整合作用所必須的，且同時能抑制λ噬菌體的復制。cⅡ蛋白的另一功能是延緩λ晚期基因的表達，其作用機制是cⅡ蛋白激活PaQ的啟動子，轉錄出PaQRNA。PaQRA是編碼Q蛋白的mRNA的反義RNA。因此，PaQRNA能與QmRNA配對雜交而抑制其翻譯，而Q蛋白早已知道是晚期基因表達的激活蛋白。
cⅡ基因本身的表達還受到稱為oopRNA的反義RNA的調控。oopRNA與cⅡ基因的3'端互補，但其具體作用機制尚不清楚。