現在，反相色譜的應用占到了所有液相應用的80%以上。為什么反相色譜會獲得如此普遍的使用呢？
一來是，反相色譜的使用更加簡單和安全。流動相不再需要烴類等這些更危險的有機溶劑。
二來是，液相和氣相是互相補充的技術。有極性的，沸點高的化合物不適合用氣相色譜儀GC分析，卻很適合用反相液相色譜分析。
極性的強弱是相對的，比如烷烴極性小，適合氣相分析。但是加個羧基變成脂肪酸，極性就強了，沸點也高了，直接用GC分析就不合適。需要用反相液相色譜分析，或者衍生化（甲酯化）降低極性之后，再用GC分析。
如果換一個參考系，反相液相色譜對比HILIC/親水作用色譜，它們的流動相是相似的，差別在于固定相。前者的固定相比如非極性的C18，后者的的固定相比如極性的硅膠。這兩者對比，反相C18就傾向于極性稍小的化合物，HILIC適合極性更大的化合物。
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