色譜法中存在兩相，一相固定不動稱固定相;另一相則不斷流過固定相稱流動相。其原理是利用待分離的各組分物質在兩相中的分配系數，吸附能力的不同來進行分離。在一定溫度與壓力條件下，使含有樣品的流動相通過涂布有高極性固定相的毛細管柱，當載氣攜帶的混合物經過色譜柱時，混合物中的各組分與固定相發生作用，由于混合物中各組分性質和結構上的差異、與固定相之間產生作用力的大小、強弱不同，隨流動相的移動在兩相間經過反復多次的分配平衡使得各組分被固定相保留的時間不同，從而按一定次序由固定相中先后流出，與柱后檢測方法結合實現混合物中組分的分離與檢測。目前國內的科研機構和企業普遍使用AOCS（美國油脂化學家學會）的標準方法，采用柱長100m的SP2340，SP2560，CP-Si188或BPX-70毛細管柱，內標物采用C21:0，進行甲醋化處理，根據脂肪酸的出峰順序來確定反式酸的種類，該方法可以直接分析出總脂肪酸、單不飽和脂肪酸、多不飽和脂肪酸、反式脂肪酸的含量。