滲透是一種物理現象，當兩種不同濃度鹽類的水，如用一張半滲透性的薄膜分開就會發現，含鹽量少的一邊的水分會透過膜滲到含鹽量高的水中，而其中的鹽分并不滲透，這樣逐漸把兩邊的含鹽濃度融合到均等為止。然而，要完成這一過程需要很長時間，這一過程也稱為滲透。
但如果在含鹽量高的水側，施加一個壓力，其結果可以使上述滲透停止，如果壓力再加大,可以使水向相反的方向滲透，而鹽分剩下，因此,反滲透除鹽原理，就是在有鹽分的水中(如原水)，施以比自然滲透壓力更大的壓力，使滲透向相反方向進行，把原水中的水分子壓到膜的另一邊，變成潔凈的水，從而達到除去水中雜質、鹽分的目的。