反滲透膜元件系統回收率是指反滲透裝置在實際使用時總的回收率。系統回收率受給水水質、膜元件的數量及排列方式等多種因素的影響，小型反滲透裝置由于膜元件的數量少、給水流程短，因而系統回收率普遍偏低，而工業用大型反滲透裝置由于膜元件的數量多、給水流程長，所以實際系統回收率一般均在75%以上，有時甚至可以達到90%。
在某些情況下，對于小型反滲透裝置也要求較高的系統回收率，以免造成水資源的浪費，此時在設計反滲透裝置時就需要采取一些不同的對策，最常見的方法是采用濃水部分循環，即反滲透裝置的濃水只排放一部分，其余部分循環進入給水泵入口，此時既可保證膜元件表面維持一定的橫向流速，又能可以達到用戶所需要的系統回收率，但切不可通過直接調整給水/濃水進出口閥門來提高系統回收率，如果這樣操作，就會造成膜元件的污染速度加快，導致嚴重后果。
系統回收率越高則消耗的水量越少，但回收率過高會發生以下問題：
① 產品水的脫鹽率下降；
② 可能發生微溶鹽的沉淀；
③ 濃水的滲透壓過高，元件的產水量降低。
一般苦咸水脫鹽系統回收率多控制在75%，即濃水濃縮了4倍，當原水含鹽量較低時，有時也可采用80%，如原水中某種微溶鹽含量高，有時也采用較低的系統回收率以防止結垢。[2]