反相還是正相，是根據流動相相對于固定相的極性而言的。 流動相極性強于固定相的，稱作反相色譜；流動相極性弱于固定相的，稱作正相色譜。
反相色譜流動相的極性強，容易帶著極性分子走，而留下非極性分子。這主要用于非極性樣品的分離。常用的高壓液相色譜都是這種，也有人喜歡說反相液相色譜，其實是一個意思，就是顯得博學一點。
正相色譜固定相極性強，容易把極性分子留下，故主要用于極性樣品的分離。如離子色譜。
實際應用好像沒有太注意正相還是反相，倒是都很注意柱子能承受什么樣極性的物質。反相液相色譜柱不可以用強極性的純水，都是要加入至少5%的有機溶劑來弱化水的極性。 正相的離子色譜柱則堅決不可以進入有機物質。但是氣相色譜實際也是一種正相色譜，卻往往要求不可以有水進入。
高效液相色譜的正相與反相區分方式如下：
正相色譜：固定相極性大于流動相極性；反相色譜：固定相極性小于流動相極性。
高效液相色譜法（High Performance Liquid Chromatography \ HPLC）又稱“高壓液相色譜”、“高速液相色譜”、“高分離度液相色譜”、“近代柱色譜”等。高效液相色譜是色譜法的一個重要分支，以液體為流動相，采用高壓輸液系統，將具有不同極性的單一溶劑或不同比例的混合溶劑、緩沖液等流動相泵入裝有固定相的色譜柱，在柱內各成分被分離后，進入檢測器進行檢測，從而實現對試樣的分析。該方法已成為化學、醫學、工業、農學、商檢和法檢等學科領域中重要的分離分析技術。