色譜柱是反相色譜儀最主要的部件，被測樣品能否被很好的分離和測定，色譜柱的性能起著決定性作用。因此，應注意色譜柱的維護與清洗，以延長色譜柱的使用壽命。
一、色譜柱清洗體積確定：
色譜柱清洗體積一般是柱體積的10～20倍。
根據柱內徑和柱長計算出柱體積，清洗時間可計算出。
二、色譜柱清洗：
為了使被測樣品和雜質不停留在色譜柱內，每次樣品分析完成后，應及時清洗色譜柱。
反相色譜分析中先流出的物質是極性大的物質，每次樣品分析完成后，應用100%的甲醇、異丙純或四氫呋喃等極性稍弱的溶劑將吸附在柱內的極性小的物質洗脫下來。如果流動相是緩沖溶液，應先用蒸餾水沖洗色譜柱，以沖掉柱內的鹽，然后用合適的溶劑沖洗。
三、特殊清洗：
強保留物質和大分子化合物在色譜柱中累積，對樣品中的化合物會產生額外的保留行為，會引起峰形變寬和拖尾，使柱效下降，引起保留時間的變化，累積到一定程度時還會導致柱壓升高。在每天的日常維護中應用純甲醇或乙腈清洗色譜柱。
清洗方法：
1、未使用緩沖鹽：每天分析完成后，用純甲醇或純乙腈反向沖洗色譜柱60min。
2、使用過緩沖鹽：每天分析完成后，先除去緩沖鹽，再用純甲醇或乙腈反向沖洗色譜柱 60min。
四、色譜柱維護：
1、篩板阻塞解決方法：
（1）過濾流動相。
（2）過濾樣品。
（3）使用預柱。
（4）使用保護柱。
2、柱頭塌陷解決方法：
（1）避免使用pH＞8的流動相（針對大部分硅膠柱）。
（2）使用預柱。
（3）使用保護柱。