結果與保留值之間的關系：利用RP-HPLC 分離多肽首先得確定不同結構的多肽在柱上的保留情況。為了獲得一系列的保留系數，Wilce 等利用多線性回歸方法對2106 種肽的保留性質與結構進行分析，得出了不同氨基酸組成對保留系數影響的關系，其中極性氨基酸殘基在2～20 氨基酸組成的肽中，可減少在柱上的保留時間；在10～60 氨基酸組成的肽中，非極性氨基酸較多也可減少在柱上的保留時間，而含5～25 個氨基酸的小肽中，非極性氨基酸增加可延長在柱上的保留時間。
同時有不少文獻報道了肽鏈長度、氨基酸組成、溫度等條件對保留情況的影響，并利用計算機處理分析得到每種多肽的分離提取的最佳條件。
肽圖分析（Peptide Mapping）：肽圖分析是根據蛋白質、多肽的分子量大小以及氨基酸組成特點，使用專一性較強的蛋白水解酶[ 一般未肽鏈內切酶（endopeptidase）]作用于特殊的肽鏈位點將多肽裂解成小片斷，通過一定的分離檢測手段形成特征性指紋圖譜，肽圖分析對多肽結構研究合特性鑒別具有重要意義。
利用胰蛋白酶能特意性作用于Arg 和Lys 羧基端的肽鏈的性質，通過RP-HPLC 法采用C18 柱檢測了重組人生長激素特征性胰肽圖譜。同時胰島素的肽圖經V8 酶專一裂解也制得，并可鑒別僅相差一個氨基酸殘疾的不同種屬來源的胰島素。人類腫瘤壞死因子的單克隆抗體結構也應用酶解法及在線分析技術確定了肽圖，便于鑒定分析。此項技術已經在新藥開發中得到廣泛應用。