潛伏期2～5周，兒童約10天。起病急、緩不一，大多數人先出現乏力、頭痛、發熱、咽炎及淋巴結腫大等前驅癥狀并持續一至數周，體溫可達39～40℃，持續5～10天或更長。發病后出現咽峽炎，特點為彌漫性膜性扁桃體炎，硬腭及軟腭出現多數小出血點，伴吞咽困難。出現全身性淋巴結腫大，以頸、腋下、腹股溝部多見，多在熱退后幾周內消退，但有持續數月，甚至數年的情況。一半患者有中度肝脾腫大。大約10%～15%病人在發病后4～6天出現斑疹、斑丘疹，也有麻疹樣、猩紅樣紅斑，以軀干、上肢前臂、小腿多見，也可發生于面部，皮疹多在幾天內消退，不留痕跡。青少年以外的人群，原發性EBV感染并不經常造成完全性感染性單核細胞增多癥。在兒童中，原發性EBV感染引起的發熱及咽炎在臨床上難以與其他病毒、支原體、鏈球菌引起的上呼吸道感染區別。在任何年齡段，腦炎、神經炎、肺炎、肝炎、心肌炎、溶血性貧血、血小板減少癥都可能是重要的臨床表現。非典型性淋巴細胞增多或異嗜性抗體可不突出或缺如。
發熱
除極輕型病例外，均有發熱，體溫自38.5～40℃不等，可呈弛張、不規則或稽留型，熱程自數日至數周。病程早期可有相對緩脈。
淋巴結腫大
60%的患者有淺表淋巴結腫大。全身淋巴結皆可被累及，以頸淋巴結最為常見，腋下、腹股溝次之，胸廓、縱隔、腸系膜淋巴結偶亦可累及。直徑1～4cm，呈中等硬度，分散而不粘連，無明顯壓痛，不化膿，兩側不對稱。腫大淋巴結消退余緩，通常在3周之內，偶可持續較長的時間。
咽峽炎
約半數患者有咽、懸雍垂、扁桃體等充血、水腫或腫大，少數有潰瘍或假膜形成。患者每有咽痛，腭部可見小出血點，齒齦也可腫脹，并有潰瘍。喉及氣管阻塞罕見。
肝脾腫大
約10%病例有肝腫大，肝功能異常者可達2/3，約5%～15%出現黃疸。幾乎所有病例均有脾腫大，大多僅在肋緣下2～3cm，偶可發生脾破裂。
皮疹
約10%的病例出現皮疹，呈多形性，有斑丘疹、猩紅熱樣皮疹、結節性紅斑、蕁麻疹等，偶呈出血性。多見于軀干部，較少波及肢體，常在起病后1～2周內出現，3～7天消退，不留痕跡，未見脫屑。比較典型者為粘膜疹，表現為多發性針尖樣瘀點，見于軟、硬腭的交界處。
神經系統癥狀
神經系統極少被累及，表現為急性無菌性腦膜炎、腦膜腦炎、腦干腦炎、周圍神經炎等，臨床上可出現相應的癥狀。腦脊液中可有中等度蛋白質和淋巴細胞增多，并可見異常淋巴細胞。預后大多良好，病情重危者痊愈后也多不留后遺癥。
本病的病程自數日至6個月不等，但多數為1～3周，偶有復發，復發時病程較短，病情也輕。少數病例的病程可遷延數月，甚至數年之久，稱之為慢性活動性EB病毒感染。