發根農桿菌Ri質粒誘發植物細胞大量繁殖，形成發根瘤。它與根癌農桿菌Ti質粒所誘發的冠癭瘤有相似之處，也有其獨特的特征。兩者相似于：
（1）根癌農桿菌的大質粒Ti質粒是誘發冠癭瘤所必須的，發根農桿菌的大質粒Ri質粒是誘發發根瘤所不可缺少的，兩種瘤都是由大質粒所引起的；
（2）發根農桿菌所感染的植物組織細胞必須進入下一步發育途徑，即毛根的形成。另外，在一些宿主植物上，發根農桿菌產生象瘤一樣的冠癭，而不是發根瘤。
（3）發根瘤組織產生農桿堿(Agropine)，它是一種首先在章魚堿型冠癭瘤中發現的冠癭堿。發根農桿菌感染植物，有時只產生無結構的瘤組織，多數情況下形成大量的毛根。毛根在離體條件下培養，能夠再生出完整的植株，這使發根農桿菌在植物轉化方面優越于根癌農稈菌。