大隅良典接著利用了他改造過的酵母菌株——在這些酵母挨餓時，它們的自噬體會積累起來。如果對自噬過程重要的基因被失活，那么自噬體積累就理應不會發生。大隅良典將酵母細胞暴露在一種能隨機在多個基因里引起突變的藥物中，然后誘導自噬過程。
他的策略奏效了！在他發現酵母自噬一年內，大隅良典就鑒定出了第一批對自噬至關重要的基因。在接下來的眾多巧妙研究中，他對這些基因所編碼的蛋白質的功能進行了研究。
結果顯示，自噬過程是由大量蛋白質和蛋白質復合物所控制的。每種蛋白質負責調控自噬體啟動與形成的不同階段。
