乳桿菌是口腔的正常菌群，為革蘭氏陽性兼性厭氧或專性厭氧桿菌。乳桿菌可分為兩類：一類為同源發酵菌種，利用葡萄糖發酵后主要產生乳酸。這組的代表為干酪乳桿菌和嗜酸乳桿菌，它們與齲病密切相關。另一類為異源發酵菌種，發酵后產生乳酸和較大量的乙酸、乙醇和CO2，其代表為發酵乳桿菌。在唾液樣本中最常分離到的菌種是嗜酸乳桿菌，在牙菌斑中最常見的是發酵乳桿菌。
該菌能發酵多種糖，產酸能力強，能使菌斑pH降至5.5以下，而且有很高的耐酸力。在唾液和齲損中常可發現此菌。但此菌對牙面黏附能力差，在牙菌斑中所占比例不大，常低于培養總數的0.01%～1%。某些乳桿菌在動物試驗中具有致齲性，但次于變形鏈球菌，且僅能導致窩溝齲。乳桿菌對人類的致齲作用較弱，且更多涉及牙本質齲，在牙本質齲損、根面齲損中有較多的乳桿菌存在。研究發現，當飲食中蔗糖含量增高，口腔中有蔗糖滯留部位或有齲洞的部位乳桿菌數量增加；當齲洞修復，滯留乳桿菌的部位消除后，其數量下降。故多數學者認為，乳桿菌可能不是齲病發生的初始致病菌，但參與齲病的發展。乳桿菌數量增加不是導致齲病開始的原因，而是齲病進展的結果。