①菌種以及確定的種子培養基和發酵培養基的組成；
②培養基、發酵罐和輔助設備的滅菌；
③大規模的有活性、純種的種子培養物的生產；
④發酵罐中微生物最優的生長條件下產物的大規模生產；
⑤產物的提取、純化；
⑥發酵廢液的處理。
因此，有必要不斷進行研究以逐步提高整個發酵過程的效率。如在一個發酵過程建立之前，生產菌株必須分離出來，通過改造使其合成日標產物，并且其產量應具有經濟價值；應確定微生物在培養上的需求，并設計相應的沒備；同時必須確定產品的分離提取方法。
此外，整個研究計劃也應包括在發酵過程中不斷地優化微生物菌種、培養基和提取方法。