由于咳嗽是許多疾病的一種非特異性癥狀，臨床上進行確診時必須詳細詢問病史、全面查體、做胸部X線或CT、氣道反應性測定、肺功能、心電圖、纖維支氣管鏡及一些特殊檢查以排除一些可以引起慢性、頑固性咳嗽的其它疾病。
許多疾病伴有咳嗽癥狀，需要與咳嗽變異性哮喘鑒別的疾病包括COPD、慢性支氣管炎、胃食道返流誘發的咳嗽、反復呼吸道感染（recurrent
respiratory
tract
infections，RRTI)、典型哮喘、后鼻孔滴漏綜合癥（PNDS）、支氣管內膜結核和血管緊張素轉換酶抑制劑誘發的咳嗽等，這些疾病是慢性咳嗽常見病因，在診斷咳嗽變異性哮喘時需要仔細排除這些疾病。此外，慢性心功能不全、食道裂孔疝、高血壓病，氣道炎癥、腫物、異物、以及煙霧刺激、焦慮等都可導致慢性咳嗽。