變形菌屬于腐敗菌，在自然界分布廣泛，土壤、污水和動植物中，都可檢出，肉制品、水產品和豆制品極易受其感染，而且在一般情況下，被污染的食物感官、性狀無明顯改變，很容易被人誤食。有文章報道，在夏秋季食品的帶菌率在11.3%-60.0%，又因該屬細菌生長繁殖的營養要求不苛刻，一般條件即可在食物上繁殖，當大量的活菌性食物中毒中，因變形桿菌引起的中毒次數僅少于沙門氏菌屬。在人和動物的腸道中，也常有存在。動物帶菌率為0.9%-62.7%，其中以犬的帶菌率最高。
致病因素有鞭毛、菌毛、內毒素和溶血毒素等。本屬細菌中尤以奇異變形桿菌引起的感最為常見，其次是普通變形桿菌，為條件致病菌，多為繼發性感染。在引起泌尿系統感染中這兩種菌僅次于大腸埃希菌；醫源性感染較多見，如留置導尿管、尿路堵塞、腸道細菌遷移等。變形桿菌的脲酶分解尿素產氨，使尿液pH增高；堿性環境利于該菌生長，也是重要因素。該菌還可引起慢性中耳炎、創傷感染等，亦可引起膀胱炎、嬰兒腹瀉、食物中毒等：奇異變形桿菌可引起敗血癥，病死率較高。