變性凝膠電泳是在凝膠中加入了尿素或甲酰胺等堿 性試劑制作的凝膠稱作變性凝膠，DNA樣 品在變性凝膠中的電泳分離過程稱作變性凝 膠電泳。在正常情況下，DNA分子是以雙 鏈形式存在，在普通凝膠中，DNA分子由 于核苷酸序列排列的內部特征，也能具有 不同的空間構型，使得M 分子產生不同 的遷移率，出現諸如“影子帶”等異常譜帶，影響結果的判定。
而DNA分子在堿性 環境下可分解成單鏈（通常意義上的DNA 變性），在電場中保持單鏈狀態并以線性分 子的形式泳動。這種變性的單鏈DNA的遷 移率幾乎與其堿基組成及序列完全無關， 可以保證DNA分子電泳譜帶的單-性。