凝膠的制備：
凝膠由分離膠和濃縮膠組成：上層為濃縮膠，凝膠孔徑較大，沒有分子篩效應，其pH為6.8，由于快慢離子所形成的高電壓梯度，使得變性蛋白質分子在泳動中被壓縮為很薄的一層，大大提高了分辨率。下層為分離膠，凝膠孔徑較小，有分子篩效應，pH為8.8，變性蛋白質分子所帶負電荷基本一致，泳動速度主要決定于分子量。
制備順序為先灌制分離膠，然后在分離膠上灌制濃縮膠： （四人一組）
1. 在兩塊玻璃板間夾以墊條，用手夾住玻璃板放入電泳槽主體內，缺口朝外，再插入斜楔板。
2. 拿一小燒杯，按下表加入各試劑： （12%分離膠） 單體溶液 4ml 分離膠緩沖液（pH8.8） 2.5ml 分離膠緩沖液（pH8.8） 3.3ml 10%SDS 100ul 10%TEMED 30ul 10%過硫酸銨 70ul 3. 上述溶液混勻后，用滴管迅速加入兩玻璃板間，灌注高度為紅色背景下沿線。然后滴上少量水飽和異丁醇，靜置約15分鐘。
4. 待凝膠與異丁醇出現分層時，倒去異丁醇，用洗瓶沖洗凝膠頂部，然后拿一燒杯，按下表加入各試劑： （4%濃縮膠） 單體溶液 0.4ml 濃縮膠緩沖液（pH6.8） 0.38ml 超純水 2.15ml 10%SDS 30ul 10%TEMED 15ul 10%過硫酸銨 30ul 5. 上述溶液混勻后，用滴管迅速加入已制好分離膠的玻璃板間，灌滿后，小心插入梳子，靜置30分鐘。
6. 待濃縮膠凝固后，小心拔出梳子。小心取出玻璃板，取掉墊條后，缺口朝內放入電泳槽主體，插入斜楔板。 兩組用一個電泳槽主體，兩組玻璃板間即為上槽。
7. 裝好的電泳槽主體放入下槽，往上下槽加入 Tris－甘氨酸電極緩沖液。用滴管沖洗凝膠頂部，并趕走底層的氣泡。
樣品制備：
蛋白質樣品需變性并結合SDS，形成所帶負電荷相對一致的非折疊衍生物。四人一組，取一1.5離心管，加入30ul鼠IgG樣品和30ul樣品緩沖液，混勻后沸水浴5分鐘，3000rpm離心數秒，每人取10ul加樣。
電泳：
連接電泳儀，選擇電壓為40伏，藍色指示劑移動至凝膠底部即停止電泳。取出玻璃板，用保鮮膜包好，置冰箱待明日做蛋白印漬（Western－Blotting）。