（1）在變構酶的S形曲線中段，底物濃度稍有降低，酶的活性明顯下降，多酶體系催化的代謝通路可因此而被關閉；反之，底物濃度稍有升高，則酶活性迅速上升，代謝通路又被打開，因此可以快速調節細胞內底物濃度和代謝速度。
（2）變構抑制劑常是代謝通路的終產物，變構酶常處于代謝通路的開端，通過反饋抑制，可以及早地調節整個代謝通路，減少不必要的底物消耗。
例如葡萄糖的氧化分解可提供能量使AMP、ADP轉變成ATP，當ATP過多時，通過變構調節酶的活性，可限制葡萄糖的分解，而ADP、AMP增多時，則可促進糖的分解。隨時調節ATP/ADP的水平，可以維持細胞內能量的正常供應。