口腔小涎腺葉狀腺癌必須和腺樣囊性癌區別，由于兩者相似的組織病理表現致極其困難。腺樣囊性癌的細胞核染色深，并有粗大染色質顆粒。沒有嗜酸性細胞質，而呈淡色或透明狀。腺樣囊性癌常見的篩孔區積聚嗜堿性氨基葡聚糖池（basophilic pools of glycosaminoglycans），在典型的口腔小涎腺葉狀腺癌看不到。免疫組化檢查有助于兩者的區別：腺樣囊性癌的腔面細胞對EMA（epithelial membrane antigen）和CEA（carcinoembryonic antigen）呈現為一致均等的強度；而在口腔小涎腺葉狀腺癌中90%以上的腫瘤細胞可見EMA反應陽性，而對CEA則很少。Simpson等的研究可見到口腔小涎腺葉狀腺癌對S-100蛋白和Vimentin均呈陽性反應，而腺樣囊性癌則呈低弱和無反應。