同位素肽段的質量（ m ）一般是相差 1 Da ，但因為質譜檢測到的峰是肽段的質荷比（ m/z ），而不是質量本身，所以在肽段帶有多個電荷的情況下，其質荷比相差要小于 1 。如果檢測到的肽段帶一個電荷，那同位素峰之間是相差 1 ；如果檢測到的肽段帶兩個電荷，那同位素峰之間便相差 0.5 ；如果檢測到的肽段帶三個電荷，那同位素峰之間便差 0.33 ；以此類推。所以從同位素峰之間的間距，可以推斷出肽段的帶電情況（ z ），從而推斷出肽段的單一同位素質量 [(m/z)*z] 。
