在 DNA 測序中一個常見的問題是由于 DNA 二極結構的存在而造成電泳條帶的壓縮。一個簡單直接的解決辦法是在測序膠中加入甲酰胺以減少二極結構的形成。在 G/C 含量高于 55% 時,幾乎是必須使用含有甲酰胺的凝膠。本實驗來源于分子克隆實驗指南(第三版)下冊,作者:〔美〕J. 薩姆布魯克 D.W. 拉塞爾。
| 試劑、試劑盒 | 本方法包括方案 8 中所有物品加上: 甲酰胺(100%) |
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| 實驗步驟 | 材料
本方法包括方案 8 中所有物品,加上: 甲酰胺(100%)
方法
1. 依方案 8 步驟 1~8 淸洗并安裝玻璃板制成膠模。
2. 在實驗桌的工作區上鋪上襯塑料的保護紙。 灌制測序凝膠時幾乎不可避免將丙烯酰胺溶液滴于桌面,可準備一個大托盤對其進行收集。
3. 在一個 250 ml 有臂錐形瓶中配制適當濃度的丙烯酰胺溶液(表 12-20)。這些溶液足夠配制一塊 40 cmx40 cm 的測序凝膠。 重要:凝膠的配制必須一氣呵成,中堿間不能斷斷續續。
4. 混合所有試劑,在 55°C 水浴中加熱 3 min 幫助尿素溶解。 溶解尿素的過程十分緩慢,必須依靠外部加熱。
5. 從水浴中取出溶液,冷卻 15 min 至室溫。不斷攪拌混合物。加水到 100 ml。
6. 把燒瓶放在真空裝置里抽去氣體。 防止聚合時產生氣泡,該過程會產生熱量。
7. 把溶液放入 150 ml 玻璃燒杯中。加 3.3 ml 新制的 1.6% 的過硫酸銨,輕輕攪動溶液使試劑混勻。

8. 加 50ul TEMED,旋動容器以混勻溶液。直接配膠或者用 60 ml 注射器吸取 40 ml 上述溶液。注意,不要有氣泡。
9. 依方案 8 中步驟 16~22。 重要:由于甲酰胺減慢了聚合速度, 聚合常需要 2~3 小時。
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