在生物除磷工藝過程中，聚磷菌在厭氧池中成為優勢菌種，構成了活性污泥絮體的主題，它吸收分子的有機物；同時，將貯存在細胞中聚磷酸鹽(Poly-p)中的磷通過水解而釋放出來，并提供必需的能量。而在隨后的好氧池中，聚磷菌所吸收的有機物將被氧化分解并提供能量，同時，能從污水中攝取比厭氧條件所釋放的更多的磷，在數量上遠遠超過其細胞合成所需磷量，將磷以聚磷酸鹽的形式貯藏在菌體內而形成高磷污泥，通過剩余污泥系統排出，而可獲得相當好的除磷效果。所以除磷工藝是通過排除富磷剩余污泥實現的。
因此在處理含磷廢水采用生物除磷工藝時，廢水中的磷最終富集在菌體內的，在剩余污泥處理過程中，通過污泥脫水后外運得以處理。在污泥脫水工藝中，很少會將污泥內的磷釋放出來，為了減少外排污染物，需要將污泥脫水過程中產生的廢水回流到處理系統前端進行重新處理。