一、硅膠純度：
硅膠純度對峰形有很大液相，硅膠雜質和殘留的金屬離子會影響樣品的峰形，如果硅膠表面的金屬含量高會影響堿性化合物的峰形，易發生拖尾。
二、顆粒形狀及粒徑：
球形顆粒柱效高、重現性好、柱床結構均勻;不規則的顆粒柱床結構不均勻、流動相線速度不均勻，容易形成譜帶展寬;平均顆粒直徑，粒徑越小，柱效越高，柱壓也越高。粒徑分布越廣則柱效越低，壓力越大。
三、顆粒表面積：
相對而言，高表面積對樣品具有較強的保留能力，更大的柱容量和分離度。而低表面積能更快達到平衡狀態，更適合梯度洗脫程序。
除了以上這些因素，還有諸如鍵合類型及鍵合相、碳覆蓋率等因素影響。單體鍵合方式可以提高傳質速率，縮短柱平衡時間;聚合體鍵合方式可以增加色譜柱穩定性，增加載樣量。鍵合相的不同會直接影響化合物的保留行為。而高碳覆蓋率可以提高分辨率和重現性，但分析時間長。