在蛋白質組學所涉及的質譜技術中，常見的離子化方式有 MALDI 和 ESI 。目前，對這兩種方法的原理和離子化的具體細節還沒有一個公認的闡述。但經驗表明， MALDI 所產生的離子化肽段只帶一個電荷（正離子方式）。而 ESI 所產生的離子化肽段往往帶有多個電荷。
