根據病史、臨床表現及實驗室檢查做出診斷。
實驗室診斷可取鼻咽部、氣管抽吸液及肺活檢標本作衣原體培養、抗原檢測和PCR檢測。血清抗衣原體抗體滴度，可有助于急性感染的診斷。用微量免疫熒光法或酶免疫法測定抗衣原體的IgM，如>1：32則高度提示衣原體肺炎。如實驗室檢查條件有限，可根據可疑臨床表現，結合胸片、血嗜酸性粒細胞計數、血清IgG、IgM檢查，必要時做細菌培養以排除其他感染，即可做出該病的診斷。
