魚及蛙等冷血動物為本菌自然宿主,是人類感染的主要來源。病人帶菌亦可引起人與人之間的傳播。進食被本菌污染的飲料或食物、或皮膚傷口接觸被本菌污染的水、或被魚刺傷或咬傷均可受染。夏季飲用未消毒水可能造成嗜水氣單胞菌胃腸炎爆發流行。免疫功能低下者如腸道帶菌容易發生內源性血液、腹腔、膽道、傷口或尿道口感染。