單純皰疹的病程一般為1周，即使不治療，只要沒有繼發細菌感染，1周以后也會痊愈。但此病極易復發；重的可引起鄰近淋巴結腫大。
1．局部治療：
(1)3％硼酸溶液或生理鹽水：用于水皰或局部紅腫明顯者，濕敷至損害消退。
(2)1％－2％龍膽紫藥液：用于潰破者，外涂患處，一日2次。
(3)3％阿昔洛韋軟膏：局部涂敷，一日數次。
(4)0.5％新霉素軟膏：局部涂擦。
2．全身治療：
(1)丙種球蛋白，每次3ml，肌肉注射，隔日1次，共3－4次。
(2)西咪替丁：每次口服0．2g，一日3-4次，連用5天。
(3)口服維生素C、維生素B2或復合維生索B。
(4)阿昔洛韋：每次口服0．2g，一日5次。嚴重病例可靜脈注射給藥，將阿昔洛韋0.2-0．3g加入5％葡萄糖注射波中靜脈滴注，一日2-3次，連用5天。
(5)繼發感染者用抗菌素（青霉素，先鋒霉素）。
基因工程靶向細胞治療法具體治療過程是：先是取血、分離取免疫細胞，在二氧化碳培養箱培養，經過離心采用基因工程技術，細胞工程技術加入經過冷凍滅活組織工程技術處理的疣體，獲得致敏、激活的治療細胞核細胞因子，回注到病灶底部及周圍病變組織，徹底消滅病毒濕疣在深層組織的各種病毒，從而達到根治病毒濕疣并且不復發的最佳效果。