臨床應用中,細菌噬菌體的宿主范圍一般比抗生素較窄。一種噬菌體一般只對一種特定的細菌,或一種細菌的某個特定菌株產生效力。這種有限的宿主范圍對疾病治療非常有利,原則上講,噬菌體療法對胃腸道菌群和體內生態的不良影響比常用的抗生素小得多,因為抗生素的使用通常會影響腸道菌群,并導致諸如梭狀芽孢桿菌的繼發性的感染等問題。臨床應用的潛在缺點為:大多數噬菌體菌株的寄主范圍狹窄。