囊包可分為下列各種類型。
（1）保護囊包（resistance cyst德文 Schutzz－yste）：多為淡水產及寄生性的，由于囊膜的物理性和化學性穩定堅固，所以能耐受外界的干燥、高溫和寒冷。
（2）休眠囊包或休眠孢子（resting cyst，res-ting spore德文Ruhezyste）：是囊膜內的個體處于生理性休眠狀態的囊包。
（3）接合囊包（gamocyst德文Gamozyste）：是兩個配子接觸后，為同一囊膜包裹，然后相互接合形成接合子。
（4）接合子囊包或接合子孢子（oocyst德文Oozyste）：是兩配子接合后形成接合子，再分泌分泌物而形成的囊包。
（5）孢子囊包（sporocyst德文Sporozyste）：是接合子在囊膜內經多次分裂而形成的囊包。因而也可稱為增殖囊包（multiplication cyst德文Vermehrungsz-yste）。
（6）傳播囊包或傳播孢子（propagationcyst）：是寄生原蟲（例如大腸阿米巴）以囊包狀態進入新的寄主體內，然后在寄主體內脫去囊膜而裸露出來，再次進入活動狀態。